Действие сериала происходит во второй половине 23 века (2264-2269 гг.) и повествует о пятилетней научно-исследовательской миссии звездолёта Объединённой Федерации Планет «USS Энтерпрайз NCC-1701» под командованием капитана Кирка.
Возвращаясь домой с Вулкана на экспроприированном клингонском космическом корабле, Кирк и его команда заранее готовятся к худшему. Хотя долг чести выполнен, и Спок снова с нами живой и здоровый, у команды нет более причин радоваться, особенно когда они начинают вспоминать о попутно содеянных проступках. Неподчинение приказу, угнанный, а затем и самоликвидированный «Энтерпрайз», саботированный «Эксцельсиор» - все это заставляет их строить отнюдь не радужные предположения относительно того, чем
Кризис, разразившийся на песчаной планете Нимбус III (Nimbus III), расположенной в нейтральной зоне, казалось бы, был всего лишь еще одним актом заявления о себе местного бунтарства, желающем лишь привлечь внимание Федерации - но не на этот раз. Теперь у повстанцев есть лидер, уроженец планеты Вулкан по имени Сайбок (Sybok), обладающий выдающимися даже по вулканеанским меркам парапсихологическими способностями - ему достаточно лишь краткого общения для того, чтобы человек либо другой
Из глубин космоса, через Клингонский сектор к Земле приближается неопознанный объект просто гигантских размеров с неясными, но, возможно, враждебными намерениями, и Энтерпрайз оказывается единственным кораблем, способным успеть вовремя добраться до этого объекта для его исследования и ликвидации потенциальной опасности для Земли.
После взрыва Праксиса, одной из лун Кроноса, уничтожившего у клингонов практически все средства к существованию, противостояние Федерации и Клингонской Империи окончилось. Настала пора мирных переговоров, но, как выяснилось, не все хотят мира - некоторых устраивает непрекращающаяся война. Кирк и его верный экипаж, уже «без пяти минут в отставке», получают секретное задание провести первый, подготовительный раунд мирных переговоров с Канцлером Клингонской Империи. Но происходит непредвиденное -
Кризис среднего возраста, случившийся у адмирала Кирка, казался ему вещью первостепенной важности. Но только до тех пор, пока он не получил сообщение с планеты Сеты Альфа 5 о том, что объявился его давний враг, жаждущий мщения. Хан, генетически созданный сверхчеловек, с сильно развитыми интеллектом, физической силой и амбициями, уже встречался один раз команде «Энтерпрайза », но тогда его и его людей, решивших захватить корабль, остановили и в наказание оставили на первой попавшейся пригодной
Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка; но для него эти победы больше не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая «Энтерпрайз», и эта потеря невосполнима. Одновременно с этим Керк близок к тому, чтобы потерять еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок. Неожиданный визит Зарека, отца Спока, проясняет ситуацию и дает Керку надежду - Спок жив, и его разум в данный момент
Слава первопроходцев, увенчанных лаврами, зовет на подвиги Новое поколение искателей приключений в бездонных глубинах мегагалактик. В прологе фильма капитан Кирк попадает в космическую воронку, где смещены понятия о времени. Спустя семьдесят пять лет потомки звёздных путешественников натыкаются на эту же самую воронку и сталкиваются с безумцем - разрушителем, мечущемся по звёздным дорожкам в поисках бессмертия. Капитан Пикард отказывается от собственного бессмертия во имя жизни будущих