Харли Квинн разорвала отношения с Джокером и теперь пытается самостоятельно стать королевой преступного мира Готэма.
Метрополис оказался под угрозой из-за злодеев, и в это непростое время Скуби-Ду и его верные друзья, Шэгги, Дафна, Велма и Фред, решают объединить свои усилия с Крипто, суперсобакой, чтобы помочь Лиге Справедливости и найти пропавших членов команды. Они отправляются на захваченную злодеями территорию, где им придется разгадать загадки, раскрывать тайны и справляться с опасными испытаниями, чтобы вернуть порядок и спасти Метрополис от зла..
Мистическая корпорация вышла из отставки, чтобы расследовать загадку на острове, кишащем зомби.
Скуби-Ду с командой должны поймать последнего из тринадцати призраков, за которыми они охотились много лет назад.
Скуби-Ду и его друзья оказываются в странном городке под названием Нигде. Там они знакомятся с трусливым псом Куражом.