Когда таинственная фигура начинает преследовать государственных алхимиков, Эдвард Элрик и его брат Альфонс становятся наиболее уязвимыми, в то время как гомункулы снова начинают раскрывать себя.
В стране Аместрис алхимия широко распространена как точная наука. Два брата Эдвард и Альфонс Элрики ещё детьми пытались при помощи алхимии воскресить мёртвую маму, но поплатились за это. Старший лишился руки и ноги, младший - всего тела, хотя и был в самый последний момент чудом спасен - брат привязывает его душу к стальным рыцарским доспехам. Теперь два брата - первый со стальными протезами, второй - просто говорящий доспех - ищут философский камень, чтобы вернуть тело Альфонса.
Эрика Ёсиока, репортер газеты «Тото», родилась в семье японца и кореянки, а выросла в США. Однажды она получает анонимный факс, который содержит конфиденциальную информацию, касающуюся плана строительства нового университета. Эрика начинает расследование. Такуми Сугихара - чиновник из Отдела разведки и исследований. Он считает, что он должен работать на благо людей, но его работа заключается в том, чтобы контролировать СМИ и предотвращать неблагоприятное освещение правительства. Однажды Такуми
16-летний Ходака Морисима убегает из дома в Токио, где у него сразу кончаются деньги. Мало того, что без документов он не может найти работу, так ещё на улице идёт бесконечный дождь, и небо постоянно затянуто тучами. В отчаянии парень обращается к бывшему попутчику, а тот не только берёт его в свой журнал, пишущий о сверхъестественном, но и предоставляет жильё. Однажды Ходака знакомится с девушкой по имени Хина Амано, которая обладает удивительной способностью разгонять тучи и останавливать