Самопровозглашенные коммандос - Ковальски, Шкипер, Рико и Рядовой - выполняют ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации.
История, рассказанная в этом мультфильме, произошла с любимыми героями между второй и третьей частями, как раз накануне Дня Святого Валентина. Алекс очень любит этот праздник и всегда тщательно к нему готовится, ведь он уверен, что только любовь может спасти весь мир. Раньше он получал тонны открыток на этот праздник от поклонниц, но в Африке не принято праздновать его, и он собирается вместе со своими друзьями организовать настоящее торжество по случаю Дня всех влюбленных.
Четверо изнеженных животных из Центрального зоопарка в Нью-Йорке - лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и гиппопотамиха Глория - решаются на побег. Оказавшись после кораблекрушения на экзотическом острове Мадагаскар, населенном лемурами и поедающими их фоссами, путешественники с ужасом понимают, что с городскими привычками им придется распрощаться. Здесь нет людей, любимых клеток, вкусной кормежки. Начинается шоу «Последний герой» только с животными - нашим друзьям нужно выжить в непривычной
Четвёрка пингвинов-шпионов - Шкипер, Ковальски, Рико и Прапор - объединяется с командой «Северный ветер», помогающей беззащитным животным. Им предстоит остановить злобного осьминога, доктора Октавиуса Брайна, желающего уничтожить этот мир...
Лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также король Джулиан, Морис, Морт и Пингвины все еще пытаются вернуться в Нью-Йорк. На этот раз их путь пройдет через Европу, где они откроют свой цирк.
Мегамозг – самый гениальный и самый неудачливый злодей в мире. Вот уже много лет он пытается покорить Метро-Сити самыми разнообразными способами. Но каждая такая попытка кончается провалом по вине супергероя по имени Метро-Мэн. Но злодей убивает супергероя, и внезапно Мегамозг лишается цели в жизни. Суперзлодей без супергероя. Единственный выход – создать нового супергероя, которого он называет Титаном. Но Титан решает, что быть злодеем куда интереснее. Вот только ему не хочется править миром,
Новый Год приходит в город, и все обитетели Центрального Зоопарка готовятся к его встрече. Пингвины украсили свою пещеру и мечтают о черно-белом празднике, когда юный Рядовой замечает, что Белый Медведь грустит в полном одиночестве. Окруженный своими товарищами, Рядовой решает, что никто не заслуживает таких каникул, и вырабатывает свой собственный план помощи собрату. Он тайком выбирается из Зоопарка и отправляется в большой город с целью совершить набег на магазины с новогодними подарками...
Санта-Клаус по вине «Мадагаскарской» компании, терпит аварию и попадает на Мадагаскарский остров, полученная амнезия грозит срыву торжеств. Алекс, Марти, Мелман и Глория берут на себя доставку подарков детям. Заодно они надеются вернуться в Нью-Йорк на санках Санты...