Макико Учида прибывает в порт Южной Японии в надежде найти судно, которое может отвезти её к месту, где 60 лет назад обрёл покой корабль Императорских Военно-Морских Сил Японии - «Ямато». Дело в том, что она - дочь офицера, который служил на этом корабле. Неожиданно встретив армейского товарища своего отца, девушка узнаёт историю о сражении за Окинаву.
Киото, 1864 год. Кэнсин Химура, тогда известный как непобедимый киллер Баттосай, вместе с единомышленниками сражается против сторонников сёгуната и убивает направо и налево. В очередной раз устроив кровавые фонтаны, он сталкивается с девушкой Томоэ и, поскольку та от увиденного теряет сознание, забирает её в свой гостевой дом.
2071 год, Дальний Восток, где идёт изнурительная война людей с неизвестной формой жизни - Клетками Оракула, которая словно чума распространилась по всему миру около двадцати лет назад и начала поглощать всё живое. Клетки Оракула могут принимать вид яростных Богов - Арагами - ужасных, кровожадных чудовищ, не знающих пощады и которых нельзя убить с помощью обычного оружия. Для борьбы с этими тварями была создана специальная организация «Фенрир». Её бойцы используют особый вид оружия, так