Когда таинственная фигура начинает преследовать государственных алхимиков, Эдвард Элрик и его брат Альфонс становятся наиболее уязвимыми, в то время как гомункулы снова начинают раскрывать себя.
В стране Аместрис алхимия широко распространена как точная наука. Два брата Эдвард и Альфонс Элрики ещё детьми пытались при помощи алхимии воскресить мёртвую маму, но поплатились за это. Старший лишился руки и ноги, младший - всего тела, хотя и был в самый последний момент чудом спасен - брат привязывает его душу к стальным рыцарским доспехам. Теперь два брата - первый со стальными протезами, второй - просто говорящий доспех - ищут философский камень, чтобы вернуть тело Альфонса.
Продолжаются попытки учеников выпускного класса укокошить своего классного руководителя с другой планеты.
Загадочное существо уничтожило 70% Луны. Также оно предупреждает, что если его не убьют до марта следующего года, Земля будет следующей уничтоженной планетой. Существо требует назначить его классным руководителем в школе «Кунугигаока», и правительство не в силах отказать, поэтому существо становится классным руководителем выпускного класса, в котором учатся хулиганы и бездельники. Ученики дают новому учителю имя Куро, что по-японски означает «чёрный». Правительство просит старшеклассников
С самого детства Ю страдал от недостатка внимания и любви со стороны отца, а его старший брат, наоборот, был любимчиком. И вот уже став взрослым, Ю встречает женщину, к которой начинает испытывать чувства. И тут выясняется, что она - девушка его старшего брата.