Маленькая любопытная рыбка Поньо - дочь колдуна и прекрасной морской богини - уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг к другу, и теперь у Поньо только одно желание - стать человеком.
1963 год, близ Иокогамы. Отец Уми Мацудзаки - командир корабля, погиб 10 лет назад во время Корейской войны, когда та была совсем маленькой. Пока её мама в отъезде, девочке приходится вести хозяйство, в частности, не забывать каждое утро поднимать флажки - такое правило установил отец, чтобы видеть с моря, что его ждут дома. В городке имеется школьный клуб, с разнообразными кружками по интересам. Но его хотят закрыть, тем более, что здание, в котором он базируется, уже обветшало. И вот Уми со
Тихиро с мамой и папой переезжают в новый дом. Заблудившись по дороге, они оказываются в странном пустынном городе, где их ждет великолепный пир. Родители с жадностью набрасываются на еду и к ужасу девочки превращаются в свиней, став пленниками злой колдуньи Юбабы. Теперь, оказавшись одна среди волшебных существ и загадочных видений, Тихиро должна придумать, как избавить своих родителей от чар коварной старухи.