Коко растет в джунглях под опекой Заруда-отшельника. Он знакомится с Эшем и Пикачу и узнает о мире людей, а также об опасности, которая грозит его дому.
Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.
Родившись в тяжкие времена голода, боли, смерти и отчаянья, он сумел выжить, лишь став зверем. Но теперь ему предстоит стать человеком - и путь этот будет куда сложнее, чем просто выжить среди руин целой страны.
Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие: загадочной британкой Мари и бойкой немкой Аской. Аска, как и Синдзи, заселяется в квартиру Мисато и начинает учиться с ним и Рэй в одном классе. Также в NERV прибывает старый знакомый Мисато Рёдзи Кадзи, которому она не очень-то рада, и, пока ребята успешно сражаются с Ангелами, у всех складываются непростые отношения.
Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне - восстановленном поселении, где люди пытаются наладить мирную жизнь.
Устройство DC Mini позволяет терапевтам проникать в сны пациентов, а также записывать их на пленку. Три таких устройства были украдены, что дает их владельцу возможность не только проникать в фантазии людей, но также проникать в сознание и открывать им путь в собственные фантазии. Задача героев состоит в возвращении устройств, и им на помощь приходит загадочная девушка Паприка.
Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе серии «Марк» и
Боевым пилотом робота серии «Еванглион» становится 14-летний Синдзи Икари - сын руководителя NERV Гэндо Икари, замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий отдаление отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых начальство скрывает истинный смысл проекта.
2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы - загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато
Юки и Амэ - только с виду обычные дети, которым должны быть нипочем тяготы окружающего мира. Когда погибает их отец, последний представитель древнего рода оборотней, их матери - обыкновенной девушке, когда-то влюбившейся в человека, оказавшегося волком - приходится переехать подальше от большого города.