Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.
Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.
Истории из жизни семьи самых обычных динозавров - главы семейства Эрла Синклера, в поте лица работающего на местной лесопилке, его жены Фрэн, двух непоседливых детей-тинейджеров Робби и Шарлин и настоящего хозяина дома - годовалого младенца Малыша.
Гелфлинги Райан, Бриа и Дит выясняют, что зловещие скексисы повредили волшебный кристалл, подпитывающий жизнь в мире. Именно благодаря им начинается восстание, способное уничтожить жестоких захватчиков.