Внимание всей планеты обращено на пляжи Малибу в Южной Калифорнии, где происходит международный чемпионат спасателей среди юниоров. Тайлеру, Дилану, Эрику, Лиззи и Джине приходится представлять свою страну в самом экстремальном в мире соревновании спасателей.
При поддержке недобитков Клана Фут и профессора Стокмана Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается добыть информацию о побеге из файлов профессора, но подоспевшие на обновленном фургоне-мусоровозе черепашки-ниндзя не смогли остановить мутировавшего Шреддера, в последний момент улизнувшего у них из-под носа при помощи портала, разработанного Стокманом. Ну что ж, пора черепашкам отвлечься от мелких супергеройских дел и
Целеустремленные юные спасатели соревнуются с местными детьми-снобами за право занять спасательную вышку на пляже в Малибу.
Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев - Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.